泉州培元中学于1904年建校，是泉州市为数不多的百年老校，是泉州现代教育的起源性中学。培元中学自建校伊始，就秉承“真理自由服务”的校训，与祖国同呼吸、共命运，走过了极不平凡的办学历程，培养出无数爱国兴邦、敬业奉献的的优秀人才，在海内外有着广泛的影响。1920年11月，中国革命先行者孙中山先生亲笔为学校题词“共进大同”并捐资助学；1980年5月，国家名誉主席宋庆龄女士为学校题词“为国树人”，这使得培元中学成为国内唯一一所同时拥有孙宋两位伟人题词的中学。

泉州培元中学校园面积53280㎡，其中，总建筑面积61182㎡，教学用房建筑面积38182㎡，运动场地面积20532㎡。学校的艺术中心、心理中心、体育中心、现代科技中心在软硬件各方面都达到全省一流水准，拥有标准绿茵足球场、田径场、篮球馆、游泳馆、羽乒馆、艺术剧场、电视台、创客中心、学生书吧等现代设施，为学生的全面发展提供优质条件。此外，广大校友和社会贤达在学校设立了37个奖教奖学助学基金，表彰优秀人才和资助贫困学子。

进入新世纪以后，培元中学紧抓机遇，深化改革，塑造了南音校园传承、科技创新、心理教育、校园足球等有相当影响力的学校特色品牌，综合办学实力和竞争力明显增强。近五年平均高考本一率40%以上、本二率90%以上。目前，学校拥有特级教师1人，省级学科带头人5人，市级学科带头人12人，省市骨干教师29人，高级教师128人，且大部分为中青年骨干，教学力量雄厚。近十年来，培元中学陆续被评为全国模范职工之家、首批全国中华优秀文化艺术传承及典型学校、国家级语言文字规范化示范学校、国家级绿色学校、全国首批青少年校园足球特色学校、全国国防教育特色学校、全国中小学数字化校园实践优秀学校、全国消防安全示范学校、全国“文明美德伴我成长”主题教育读书活动示范学校、全国“五好小公民” 主题教育活动示范学校、福建省连续十二届文明学校、福建省义务教育管理标准化学校、福建省义务教育教改示范校、福建省青少年校园足球特色学校示范校、福建省普通高中优质学科课程项目建设示范校、中国少年科学院科普教育示范基地、中国教育学会高中专业委员会理事单位、全国中小学国防教育示范学校、第32届全国青少年科技创新大赛基层赛事优秀组织单位奖、福建省基础教育教学成果一等奖、福建省首届文明校园、福建省五一先锋号、福建省中小学中华优秀文化艺术传承学校示范校、泉州市普通高中课程改革基地校、泉州市特色普通高中学校、泉州市市直中小学“智慧课堂”项目试点学校、福建省示范性普通高中建设学校、福建省心理健康教育特色学校。

泉州培元中学是1904年由英国基督教长老会募捐，聘请英国人、剑桥大学毕业生安礼逊（A.S.Moore.Anderson）来泉州创办的。 1929年4月，培元中学校友执委会倡议推举成立校董会，校董会由英国长老公会、闽南基督教会、培元校 友会组成，推举谢玉铭、吕振中、黄嘉惠、潘清白、陈清源、吴祝三、许锡安七人为校董。
1940年，许锡安先生辞去校长职务，任校董会主席，由王庆元接任校长。许锡安1915年毕业于燕京大学（现北京大学），1920年3月接安礼逊任培元中学校长。王庆元毕业于协和大学，在协和大学任教，受聘回母校就任校长。
1940年9月，泉州解放，1951年，培元中学改为公办，更名为“泉州第二中学”。1956年，许锡安先生在台湾彰化创立“私立彰化培元中学”，许锡安先生的妹妹许逾雪女士在菲律宾马尼拉创办菲律宾培元中学。海外校友与母校联系中断。
1979年3月，经政府批准，复称“培元中学”。1980年2月，成立校董事会，推举庄明理为董事长，张文裕、张楚琨、蔡镏生、王庆元、高明轩为副董事长。1983年7月，培元中学被确定为福建省首批办好的重点侨校之一。海外校友恢复了与母校的联系，并以极大的热情支持母校的复兴工作，为母校兴建校舍，添置教学设备，设立奖学、奖教金，学校呈现一派欣欣向荣的景象。
1994年7月，国务院副总理李岚清亲笔为培元中学90大庆题写贺词：“为振兴中华培养优秀人才作出更大的贡献。”1994年10月，培元中学第二届董事会成立，推举黄保欣为名誉董事长，吕振万为董事长。
1996年，培元中学被确认为福建省一级达标中学，进一步激发了师生和广大海内外校友的办学热情，海外校友继续捐资办学，为学校兴建校舍，捐赠教学设备，设立奖教奖学基金，学校全体师生再接再厉，不懈努力，加大教改教研力度，推进素质教育的全面开展，巩固了一级达标的成果，并将学校的教育教学水平提高到一个新的台阶。
1997年，被评为福建省“军民共建先进集体”，1999年，被评为福建省军民共建“三挂钩”先进集体。